杨仕美^1,2 , 乔光² , 毛永亚³ , 杨鹍^1,2 , 文晓鹏 ^2*

1 贵州大学, 生命科学学院, 贵阳, 550025; 2 贵州大学, 农业生物工程研究院, 山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室, 贵阳, 550025; 3贵州省果树科学研究所, 贵阳, 550006
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2018 年, 第 16 卷, 第 24 篇   
收稿日期: 2018年01月29日    接受日期: 2018年02月14日    发表日期: 2019年01月16日

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本研究利用 MISA 软件筛选火龙果转录组测序获得的 108 127 条 Unigenes，共检测出 7 622 个EST-SSR 位点，其发生频率为 6.02%，平均每 9.00 kb 出现 1 个位点。单核苷酸重复类型占优势，占总EST-SSR位点的 56.59%，其次是二核苷酸和三核苷酸，分别占 28.4%和 14.04%；其它特性重复类型数量较少，所占比例均不足 1%。二核苷酸重复基元类型中以 AG/CT、AC/GT 为优势重复基元，分别占总 SSR 位点数目的25.37%和 2.02%；三核苷酸重复基元类型以 AAG/CCT 为主，占总 SSR 位点数目的 3.13%。设计合成 125 对EST-SSR 引物，并随机选取 8 份形态学差异明显的火龙果种质提取基因组 DNA，进行 PCR 扩增，采用琼脂糖凝胶电泳和 10%聚丙烯变性凝胶电泳检测方法对引物进行初步检测，筛选出 32 对扩增条带锐利清晰的引物。选取 38 份火龙果种质对筛选出的引物进行多态性检测，获得 16 对多态性较好的引物，共扩增出 47 个多态性位点，多态信息含量(polymorphism information content, PIC)范围为 0.243~0.667，平均多态性信息含量(polymorphism information content, PIC)为 0.459，平均观测等位基因数(number of alleles, Na)为 3，平均香农信息指数(Shannon's information index, I)为 0.891；利用引物 C31931、C13719 和 C32141 等 8 种引物组合可以有效区分 38 份火龙果种质，构建其 DNA 的 EST-SSR 指纹图谱；UPGMA 聚类分析，以 0.62 为阈值，可将 38 份火龙果种质分为 3 类：第一类包括红肉与粉红肉种质，第二类为白肉种质，第三类为蛇鞭柱属的 2 个种质。本研究基于火龙果转录组测序序列开发了一批具有高度多态性潜力的 SSR 引物，该引物可有效地将 38 份火龙果种质区分开来。因此，基于火龙果转录组测序开发的 EST-SSR 标记，可为火龙果种质鉴定、亲缘关系分析及遗传图谱构建等提供更丰富的标记来源。

火龙果；EST-SSR；转录组序列；种质鉴定；亲缘关系